Le musée Shihsanhang se situe à la rive sud de l'embouchure du fleuve Tamsui dans l'arrondissement de Bali dans le Nouveau Taipei. Construit en 1998, le musée a été officiellement ouvert le 24 avril 2003 en tant que tout premier musée municipal de Taïwan dédié à l'archéologie. Initialement appelé « centre d'exposition des vestiges de la culture Shihsanhang », le musée a été renommé musée Shihsanhang du comté de Taipei en 1998 avant d’adopter son nom actuel en 2010.
Dans le but de préserver et promouvoir la culture préhistorique du site Shihsanhang, le musée espère sensibiliser les Taïwanais à la préservation du patrimoine culturel. Avec les changements de la société, le musée Shihsanhang assume la responsabilité de la transmission culturelle mais également des missions importantes d'archéologie, d'ethnologie et d'anthropologie.
La culture Shihsanhang appartient à l'âge de fer du nord de Taïwan qui remonte à 1800 ans à 500 ans. Les hommes de cette culture sont les seuls de la préhistoire de Taïwan dont les archéologues sont certains de leur maîtrise de fabrication de fer à ce jour. Les vestiges Shihsanhang ont été découverts pour la première fois en automne 1955 lorsque Pan Ko-yung (潘克永), un Major de l’armée de l’air a remarqué des réactions magnétiques anormales à la boussole de son avion au moment où il survolait la montagne Guanyin. Il en a déduit qu'il pourrait y avoir des gisements de fer de grande échelle dans cette zone. Accompagné du géologue Lin Chao-chi (林朝棨), il a inspecté les lieux et ils ont découvert de nombreux morceaux de fer ainsi que des tessons de poterie préhistorique, des supports d'objets en pierre et des galets creusés qui servaient à la fonte du fer chez les hommes préhistoriques. Ils en avaient déduit que ce lieu devait être un site préhistorique.
De 1989 à 1992, le projet de construction d’une station d’épuration de Bali sur ce site de vestiges préhistoriques a attiré l’attention. Les autorités centrales ont ainsi décidé de dédier une partie du terrain à la construction du musée Shihsanhang, donnant naissance à une structure qui s’étend sur environ quatre hectares. Le complexe des bâtiments principaux représente une simulation conceptuelle de l’histoire de ce lieu. Le musée propose des expositions permanentes des artefacts importants, des salles d'expositions temporaires et un laboratoire d'apprentissage en archéologie. Le musée présente les vestiges et l'histoire de la culture Shihsanhang, de la culture du jardin botanique et de la culture Yuanshan.
Parmi les vestiges culturels découverts sur le site Shihsanhang, les spécimens de poterie sont les plus nombreux. Parmi eux, 126 pièces de poterie sont entières ou peuvent être restaurées, auxquelles s'ajoutent environ 800 000 autres pièces et fragments. Parmi toutes les pièces de poterie excavées, la plus remarquable est certainement le pot anthropomorphe, la pièce maîtresse du musée. Ce pot décoré d'un visage humain dipose des motifs de cercles et de points répartis de manière homogène sur le bord de la bouche et sur les pieds du pot. Par ailleurs, les vestiges de Shihsanhang comptent aussi de nombreuses perles d'agate, des bracelets en verre, des perles de verre et des perles faites d'autres matériaux.
Conçu par l'architecte Sun Te-hung (孫德鴻), le musée Shihsanhang est axé sur l'idée principale architecturale des fouilles archéologiques et sur le fait que les ancêtres des Taïwanais sont arrivés à Taïwan en traversant les mers. Le musée est ainsi composé de trois groupes de bâtiments bien distincts, représentant la montagne, l'océan et le temps entre le passé et le présent. Les matériaux de construction comprennent du béton armé, du grès et des plaques en métal vieilli. Le musée est encastré à 1,5m sous terre et avant d'entrer dans les salles d’exposition, les visiteurs doivent passer par une rampe qui monte puis redescend légèrement, symbolisant l'entrée des archéologues dans le monde des trésors souterrains.
La partie architecturale la plus attirante du musée est « la plateforme d'observation de dunes et dos de baleine » et la tour octogonale archéologique irrégulière angulaire. Le toit légèrement courbé qui évoque les dunes et le dos d’une baleine nageant dans l’océan symbolise le dos des baleines dans la mer et les dunes où vivaient des habitants de Shihsanhang. Il est possible d'accéder au toit par un escalier extérieur où les visiteurs peuvent admirer le coucher du soleil, l’embouchure du fleuve de Tamsui et la montagne Guangyin. Quant à la tour octogonale archéologique irrégulière angulaire, elle symbolise la destruction du site des vestiges et la vérité historique qui ne peut pas être restaurée.
Depuis sa création, le musée Shihsanhang a été décoré de nombreux prix : Premier prix de l’architecture de Taïwan en 2002, Design exceptionnel aux prix d'architecture Far Eastern de 2003, Prix du lion d'or dans la catégorie « culture, éducation et architecture publique » du Prix national de l’architecture en 2014.