El museo fue galardonado con el Premio Nacional de Excelencia en Construcción 2023 (年國家卓越建設獎) en la categoría de planificación y diseño, por su proyecto de renovación del propio museo. Una de las características clave del proyecto fue la apertura de la fachada del museo, en lugar de tener una caja cerrada. Esto permitió que la luz natural entrara en el edificio y creara una sensación de amplitud y espacio. Lo complementa un patio central abierto, con un césped verde con una pequeña elevación de bordes suaves, evocando las montañas cercanas. El patio está rodeado por pasillos con muchas paredes de vidrio que separan los espacios, donde entra la luz natural y permite apreciar mejor el lugar. Estas transparencias hacen que los visitantes exploren con más facilidad el museo, pero además experimenten la belleza natural de Taitung.
La lista de ganadores del Premio Nacional de Excelencia en Construcción 2023, es uno de los máximos honores en construcción y arquitectura a nivel nacional. El Museo Nacional de Prehistoria y el equipo de arquitectos liderado por Chen Ja-sheng, por su proyecto de reconstrucción del paisaje arquitectónico del Museo, que reabrió sus puertas el 19 de mayo, recibieron el premio especial del jurado.
Wang Chang-hua, director del Museo Nacional de Prehistoria, manifestó que el Premio Nacional de Excelencia en Construcción es organizado por la Asociación de Bienes Raíces de la República de China y es considerado el mayor honor en construcción en Taiwán. El Museo está muy agradecido por el reconocimiento del jurado al otorgarle el premio. Los visitantes que han acudido al museo desde su reapertura también han brindado comentarios positivos de alta calidad, elogiando el amplio y luminoso espacio, la fluidez de la comunicación entre sectores y la diversidad de las exposiciones, así como el ambiente amigable para familias. Estos comentarios reflejan la disposición de visitar el museo nuevamente, lo que coincide con las expectativas del museo en relación con el proyecto de reconstrucción.
Desde su cierre en 2020, el Museo ha estado inmerso en una remodelación arquitectónica y una actualización de las salas de exposiciones permanentes. Se mantuvo la apariencia externa del edificio original en el proyecto de remodelación actual. El edificio original fue diseñado en 1993 por el maestro del posmodernismo Michael Graves y su equipo de arquitectos liderado por Haigo T. H. Shen. El nuevo diseño, se enfocó en "abrir", en el sentido de quitar obstáculos del medio y abrirse más a la naturaleza y "flujo", prestando atención a los flujos de visitantes para ofrecer una experiencia espacial transparente y cómoda, así como asientos de descanso más considerados. La integración entre los espacios interiores y exteriores y el paisaje circundante también ha reformulado la imagen y el encanto espacial del Museo.