文化部所屬國立臺灣史前文化博物館因卑南二期徵收地上栽植之樟樹林恐危及地下珍貴遺址文物層案，1日特地召開專家學者諮詢會議，會中決議依據各委員意見，由史前館以最快速度擬定樹木移除暨相關處置方案計畫送文化部遺址審議委員會通過後執行。
史前館諮詢會議特地邀請文化部文化資產局代表、樹木專家行政院農業委員會林務局臺東林區管理處代表、中央研究院歷史語言研究所劉益昌研究員、趙金勇助研究員、郭素秋助研究員、景觀及環境學者金門大學李素馨院長暨史前館相關同仁等共同參與，會中由史前館先對遺址分佈狀況最新調查報告暨植栽因應措施進行報告，再請各委員提出意見並進行討論。館方報告，根據過去周圍的試掘及最所的電磁法探測及透地雷達的調查資料顯示，現有樟樹林及及其北延地區，地下有豐富的史前結構遺留；如何進行對文物的保護，請專家學者提供意見。
林管處代表表示，樟樹生命力很強，且其盤根面積為其樹幹的3-5倍大，其根系對地下文物的破壞是一定是有的，若欲保存地下文物，恐僅能鋸除地上樹幹再以漸進式方式使其枯死；另也提醒樟樹根分泌的精油，也可能滲透到文物而影響日後對文物的處理和分析。劉益昌研究員表示，樟樹林為早年地主栽植，迄今高達三公尺的樹林肯定已嚴重影響地下文物，因此為保護依文資法保護的遺址文物，移除地面上的樟樹林為必要的措施，且不能再拖延時程；根據其考古經驗，樹根對地底文物的影響，除了會直接穿越文物外，其餘留空隙也會造成原文化層文物的位移，影響研究人員日後分析的正確性。趙金勇與郭素秋助研究員表示，贊成以處理樹木的方式來優先保護文物，因大面積開挖移除搶救文物，風險太大，也緩不濟急，但建議在移除樹木同時，可申請專案進行部分實驗性的試掘。李素馨院長則指出，文資保護應優於樹木保護，樹林處理後的植物景觀，可以朝史前館原先規劃的原生淺根植物來覆被，以免又被外來種所侵蝕。文資局代表則希望史前館儘速對樟樹林對遺址文物破壞範圍及如何移除與相關處置方案提出完整配套計畫，送文化部審議委員會審議。
史前館張善楠館長會後表示，因遺址文物的破壞具有不可逆性，樹木可以再植，卑南遺址為國定遺址，地底下埋有距今兩三千年前的文物，為保留彌足珍貴的文化資產，兩害相權取其輕的狀況下，史前館將依今日委員們所提寶貴意見，朝据除遺址精華區上的樹幹，然後讓其根部自然枯死的方式來達到文物保護的目標。史前館將於四月份擬定卑南二期林木移除暨遺址分區處置方案，報請文化部審議。